Với phương châm Nhà nước và nhân dân cùng làm, tỉnh Ninh Bình giao cho Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch làm chủ đầu tư các hạng mục về giải phóng mặt bằng, đường giao thông, cơ sở hạ tầng, cây xanh còn doanh nghiệp xây dựng Xuân Trường là chủ đầu tư các hạng mục làm chùa, tạc tượng, đúc chuông. Ngày 10/4/2008, ủy ban nhân dân tỉnh Ninh Bình cấp giấy chứng nhận đầu tư cho doanh nghiệp xây dựng Xuân Trường của ông Nguyễn Văn Trường.[53] Quần thể chùa Bái Đính mới này nằm trong tổng thể dự án xây dựng trung tâm du lịch văn hóa Tràng An rộng gần 2.000 ha do công ty TNHH Xuân Trường làm chủ đầu tư.[54] Thời hạn đầu tư và làm chủ dự án chùa Bái Đính của công ty Xuân Trường là 70 năm.[26]

Theo ông Phan Tiến Dũng - Phó Chủ tịch thường trực ủy ban nhân dân tỉnh Ninh Bình, Khu núi chùa Bái Đính là một trong các khu chức năng thuộc khu du lịch sinh thái Tràng An đã được chính phủ cho phép đầu tư và đã được ủy ban nhân dân tỉnh Ninh Bình phê duyệt quy hoạch tổng thể ngày 18/11/2005 nhằm bảo tồn, tôn tạo phát huy giá trị văn hoá, di tích lịch sử cố đô Hoa Lư, để tiến tới đề nghị UNESCO công nhận khu cố đô Hoa Lư là di sản văn hoá thiên nhiên thế giới.[32] Tháng 8 năm 2010, thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng yêu cầu Ninh Bình thực hiện theo đúng pháp luật, bàn giao mặt bằng trong tháng 8 năm 2010 để kịp thời phục vụ Đại lễ 1000 năm Thăng Long – Hà Nội và Hội nghị thượng đỉnh Phật giáo thế giới lần thứ VI.[55]

Ngày 20/1/2012, theo đề nghị của lãnh đạo ủy ban nhân dân tỉnh Ninh Bình, Thượng tọa Thích Thanh Nhiễu - Phó chủ tịch thường trực Hội đồng Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam về giữ ngôi trụ trì chùa Bái Đính kế tục hòa thượng Thích Thanh Tứ đã viên tịch.[56]